1984年，黨的十二屆三中全會提出《中共中央關于經(jīng)濟體制改革的決定》（簡稱《決定》），《決定》科技貸款提出要突破把計劃與市場對立起來的傳統(tǒng)觀念，科技貸款充分認識社會主義計劃經(jīng)濟須自覺依據(jù)和運用價值規(guī)律，商品經(jīng)濟是社會主義經(jīng)濟發(fā)展不可逾越的階段等，標志著中國經(jīng)濟體制改革進入新階段。隨著科技貸款經(jīng)濟體制由計劃經(jīng)濟向商品經(jīng)濟轉型，中國金融體系也開始向市場化轉變。1984年，國務院頒布《中華人民共和國銀行管理暫行條例》，科技貸款規(guī)定了中國人民銀行作為中央銀行的職責和權限，對商業(yè)銀行和非銀行金融機構經(jīng)營原則和經(jīng)營范圍等問題予以明確。在金融機構改革方面，成立中國工商銀行以承擔原本由中國人民銀行辦理的工商企業(yè)儲蓄信貸業(yè)務，形成四大國有銀行格局；1986年起，以交通銀行股份制改革為開端，科技貸款陸續(xù)成立了一批商業(yè)性股份制銀行；信托公司、財務公司、證券公司等非銀行金融機構取得一定發(fā)展。

隨著經(jīng)濟體制改革的深入，科技與經(jīng)濟相脫節(jié)的問題日益凸顯，迫切需要進行科技體制改革以發(fā)揮科技人員的智慧和創(chuàng)造才能，科技貸款加快科技成果向現(xiàn)實生產(chǎn)力轉化過程。1985年發(fā)布的《關于科學技術體制改革的決定》標志著科技體制改革全面啟動，該文件指出，科技體制改革的主要內容包括改革撥款方式，發(fā)展技術市場，科技貸款克服單一依賴行政手段管理科技工作，在對國家重點項目實施計劃管理的同時，充分利用市場手段使科技機構具有自我發(fā)展能力和活力。